60年代、南大西洋沿岸域では、空前のクロマグロブームが起きた。
諸外国の船舶、時には極東からもクロマグロ漁船が訪れ、国内の港にも諸外国の漁業基地が建設されていたが、新生ブラジル帝国時代になるとクロマグロを始めとした回遊魚のルートはアフリカ沿岸へと移り、漁業は壊滅的な打撃を受けてしまう。
その後、沿岸漁業は頭打ちとなり、遠洋漁業から湾内漁業へと移行。
それに伴い、多くの漁師達が失業するに至る。
近年でも遠洋漁業は回復しておらず、湾内漁業で国内のニーズを満たすのが精一杯となっており、新生ブラジル帝国の課題となっている。
ただし、遠洋漁業を補完するように新生ブラジル帝国ではエビ漁が活性化している。
特にカマロンローザと言われるピンクエビは、高級品として国内外で消費されており、エビ漁獲高は84,000tとなり、その内65%が養殖である。
その為に密漁取締には厳しく、新生ブラジル帝国沿岸警備隊だけでなく、各地の新生ブラジル帝国軍警察等でも水上取締りを強化し、厳罰を持って当たっている。

広大なアマゾン川水系には、多様な生物体系と様々な固有種が存在している。
これらを対象にした漁業は、アマゾン川水系一帯に居住する原住民や、河川港湾居住者にとっては重要な食料品であり、観光客たちにとってはリゾートフィッシングの対象となり得る。
その為、かなりの漁師が漁業に関する事で生計を立てている。
また、ネオンテトラやプレコ等、見た目が美しい魚類や水草も多く、アクアリウム用としての輸出需要に対応するため、養殖も盛んに行われており、水産物では唯一と言っていい輸出品目となっているため規制も厳しい。
食用養殖に関しては、コロソマが主流。
白身で飼育しやすく、かつ1m程になるためにコロソマ養殖は伝統的とも言える。

捕鯨禁止国で、他国の方針には口出しはしないが、国内での捕鯨は禁止されている。
これはアマゾン川固有種のアマゾンカワイルカ保護の条例にも関係するが、アマゾン川は昔から大型の鯨類が確認でき、近年でも中流域にて10mクラスの鯨が目撃された事案もある。
アマゾン川は川幅が広く水深も深いが、河口での待ち伏せ漁等をされてしまうと個体数の減少にも繫がり、かつ観光行的にも打撃を与えてしまうのが最大の原因となる。

第三次世界大戦と第四次世界大戦により、太平洋ならびに中部大西洋(主にサルガッソー海域)は汚染され、地中海から北部アフリカ沿岸域の環境汚染も叫ばれており、世界的に水産資源の危険が叫ばれている。
それに対して新生ブラジル帝国では、アマゾン川河口域に生息するブラジルピンクエビ?養殖池、アマゾン川水系に生息する食用魚コロソマ?の養殖池地帯に有るベレンファーム等に対して、新生ブラジル帝国を上げてバックアップを行っている。
ベレン港とマカパー港を基地港にする河口域での天然エビ漁に対しても、禁漁区を年次定める事にし、漁獲高の安定化を図る。
また、アマゾン川中流域においても、マナウス港、イタコアティアラ港?、サンタレン港等を拠点に、アマゾン川漁業の保護とアマゾン川生態系の保護を行っている。