南大西洋に面し、約7,400kmの海岸線とフェルナンド・デ・ノローニャに代表される離島域を有する新生ブラジル帝国は海洋開発機関を欲し、1971年の建国の際には、リオデジャネイロ造船所を中心とした、船舶開発機関を設立した。
この組織は海洋技術総合司令部の母体となり、リオデジャネイロ帝国大学を中心に多くの海洋学者が参加する事になる。

70年代後半より、軍務省主体による新規軍艦計画が立ち上がり、それを受けて正式に軍務省隷下の組織である海洋技術総合司令部が設立される。
70年代後半から80年代にかけての新生ブラジル帝国第1期軍拡期には500t級カッターと言う、未だに現役を勤める艦船の開発が行われ、新生ブラジル帝国の船舶設計に大きな影響を与えている。

90年代に入ると帝都リオデジャネイロ沖にあるサントス海盆の調査が始まった。
これはB.E.S.(ベス)による海底油田調査から端を発した事なのだが、海洋技術総合司令部に対してサントス海盆にあるプレソルト海底油田?開発に関わる船舶、並びに海洋システムの開発が命じられた。
この一連の計画は新生ブラジル帝国の飛躍に貢献し、南大西洋船舶管制システム?や南大西洋ケーブルネットワーク等を構築するようになる。

南大西洋への拡大政策は第四次世界大戦により頓挫するが、それは逆にサントス海盆やカンボス海盆等の新生ブラジル帝国沖合に広がる深海開発への力の集中となった。
これから先の深海開発への野心は潰えていない。

艦船開発局	新型艦船の設計を担当する
海軍士官学校	海軍の上級教育を行う
海洋技術大学	官民関係なく上級航海技術を教える大学

南大西洋ケーブルネットワーク	海底ケーブルを利用した、災害時情報共有システム
南大西洋船舶管制ネットワーク	AISを利用した、南大西洋での船舶管制システム

重量物運搬船モウサ	半潜水式重量物運搬船
掘削船プレソルト	掘削船
ケーブル敷設船アトランティコ・スル	海底ケーブル敷設船
グアナバラ トードス・オス・サントス	4.000t級測量船?
サルベージ船ヘカトンケイレス	サルベージ船
練習艦サン・アントニオ	海軍教育隊所属
練習潜水艦カラパウ	海軍教育隊所属