熱気球は、1896年までさかのぼり、スペインでは軍事目的で使用されてきました。1905年、アルフレド・キンデランの協力を得て、レオナルド・トーレス・イ・ケベドは、1896年にグアダラハラに設立された陸軍航空局のスペイン初の飛行船の建造を指揮しました。新しい飛行船は無事に完成し、「エスパーニャ」と名付けられ、数々のテスト飛行や展示飛行を行いました。
　また、スペイン陸軍の航空部隊は1909年、ペドロ・ヴィヴス・ヴィッチ大佐とアルフレド・キンデラン大尉が、スペイン軍に飛行船や飛行機を導入する可能性を確認するためにヨーロッパの様々な都市を公式訪問した時に正式に発足しました。1年後、王令により、マドリッド近郊のヘタフェに公共事業・運輸省の下に国立航空学校が設立されました。
　1913年12月17日、モロッコとの戦争中、スペインの遠征軍航空隊は、モロッコのベン・カリックス平原で空爆を行い、史上初の組織的な爆撃の中で戦闘を経験した最初の軍用航空部隊となった。 その後の数年間、スペイン空軍の軍事活動のほとんどはモロッコ北部で行われた。
1913年12月17日、モロッコとの戦争中、スペインの遠征軍航空隊は、モロッコのベン・カリックス平原でローナー・フレチャ（アロー）機から空爆を行い、史上初の組織的な爆撃の中で戦闘を経験した最初の軍用航空部隊となった。 その後の数年間、スペイン空軍の軍事活動のほとんどはモロッコ北部で行われた。
　1915年、スペイン初の水上飛行機基地がムルシア地方のマル・メノールにあるロス・アルカサレスに開設され、アルフレド・キンデランが軍事航空局長に任命され、ペドロ・ビブスの後任となった。翌年、バルセロナのカン・チュニスにカタルーニャ飛行学校が設立され、ヘタフェ飛行場は本格的な軍事航空基地となりました。1919年、エカギュエ将軍がキンデランに代わり、エスパニョーラ航空のリーダーとなりました。
　1920年には、2機のニューポート80と1機のカイドロンG.3が、戦隊識別番号とスペイン空軍の丸印で最初に塗装されました。その後まもなく、スペイン海軍の航空部門である海軍航空隊は、4年前の勅令ですでに設立され、現在のバルセロナ空港と同じ場所にあるエル・プラットで機能するようになった。
　1921年、アニュアル（スペインではDesastre de Annualと呼ばれていた）でのスペイン軍の敗北後、ゼルアン飛行場はリフ軍に占領され、ナドールに別の飛行場が建設された。キンデラン中佐は航空総指揮官に任命され、1926年には空軍の最高司令官に就任しましたが、その頃にはスペインのモロッコが奪還され、リフ戦争が終結していました。
　1926年、ラモン・フランコ、フリオ・ルイス・デ・アルダ、フアン・マヌエル・デュラン、パブロ・ラダを含むスペイン人飛行士の乗組員が、1926年1月、プラス・ウルトラ号でスペイン-南米間の初の大西洋横断飛行を成功させました。同年、パイロットのゴンサレス・ガッラルザ、ホアキン・ロリガ・タボアーダ、ラファエル・マルティネス・エステベが、わずか1ヶ月でスペイン-フィリピン間の初飛行を成功させました。この遠征は2機のブレゲ19で行われ、エスカドリラ・エルカノまたは「エルカノ飛行隊」として知られていた。
　1930年にはサンハビエルの航空基地が設立され、同年、マドリード近郊のクアトロ・ビエントス軍事飛行場で起きた親共和党の反乱は鎮圧されました。1931年に第二次スペイン共和国が宣言されると、ルイス・ロンバルテ・セラーノ将軍がキンデランの後任として空軍の最高司令官を務めたが、後の独裁者フランシスコ・フランコの弟ラモン・フランコ司令官がすぐに後を継ぐことになる。チプリアーノ・ロドリゲス・ディアス大尉とカルロス・デ・ハヤ・ゴンサレス中尉は、当時スペインの植民地だった赤道ギニアにノンストップで飛行した。Warlelaキャプテンの下で、1933年にはスペインの測量が航空写真の近代的な方法で行われました。翌年、スペイン人技術者のフアン・デ・ラ・シエルバがオートジャイロC-30Pで水上機デダロに離陸し、着陸しました。1934年、エドゥアルド・サエンツ・デ・ブルアガ中佐が空軍の新司令官に就任した。
　1935年10月2日の政府令により、航空総局はゴビエルノ大統領の下ではなく、陸軍省のゲラ大臣の下に置かれ、1936年には空軍の地方部隊が再編された。これに伴い、スペイン海軍をベースとしたエスクアドラのモデルは、今日でも活動している軍国レジオン師団に取って代わられた。

　スペイン内戦のきっかけとなった軍の反乱後、スペインの軍用航空は、スペイン共和国政府の空軍と、反乱で陸軍が設立した国家航空部隊に分かれた。
　クーデター直後の1936年7月、反乱軍を支援するためにドイツのユンカースJu52とイタリアのサヴォイア＝マルケッティSM.81が到着し、フィアットCR.32戦闘機がコルドバ戦線で活動を開始した。8月にはHeinkel He 51戦闘機も配備された。これらの飛行機は、ドイツとイタリアの遠征軍、コンドル軍団とアヴィアツィオーネ軍団と同様に、空の完全なコントロールを得るために反乱軍を助けた。当初、スペイン共和国空軍は厳選された飛行機を使ってスペイン領の広範囲を制圧していましたが、フランシスコ・フランコがナチス・ドイツとファシスト・イタリアから受けた揺るぎない支援が状況を逆転させました。1936年9月、インダレシオ・プリエトが大臣として指揮を執っていた海軍航空省と航空次官部が設立された。最初の本格的な航空戦闘は、イタリアの爆撃機が大規模な爆撃作戦でマドリッドを攻撃したときにマドリッド上空で行われた。政府に忠誠を誓っていたスペインの地域の軍の再編では、共和国の新しい軍事組織が、前者はスペイン共和国軍の航空部門、後者はスペイン共和国海軍の海軍航空部門であるAeronáutica MilitarとAeronáutica Navalを統合し、スペイン共和国空軍を結成した。 共和国軍のトリコロール・ラウンデルは、識別のために赤のバンドに置き換えられたが、これは共和国が誕生する前の1920年代の王政時代にアエロヌーティカ海軍の航空機に使用されていた記章である。
　多くの革新的な、そしてしばしば致命的な航空爆撃技術が、ドイツのコンドル軍団によってスペイン国内でテストされた。ナチスの国民空軍への支援はヒトラーのドイツ再軍備戦略の一環であり、ナチスのドイツ人パイロットがスペインで学んだ技術は後に第二次世界大戦で使用されることになる。1937年のバスク地方の都市ゲルニカへの空爆（ルフトワフによってリューゲン作戦として知られていた）によって引き起こされた荒廃と人的被害にもかかわらず、ヒトラーはスペインでの長期的な計画は平和的なものであると主張していた。しかし、ゲルニカに対する国際的な反発は、苦境に立たされたスペイン共和国への軍事支援を増やすことにはつながらなかった。フランコが両空軍は対等であると主張し、外国人パイロットの助けを借りたにもかかわらず、スペイン共和国空軍の飛行機はほとんどが旧式化しており、しばしばひどい状態になっていた。戦争の中盤にソ連からさらに多くの飛行機を獲得した後も、スペイン共和国空軍はスペインの空をコントロールすることも、特定の戦闘状況においてドイツやイタリアの遠征軍の力に匹敵することもできなくなっていた。
　スペイン共和国空軍は、スペイン共和国軍の根幹が折れた1938年のエブロの戦い以来、実質的に無関係となった。 最終的には、1939年4月1日の勝利の後、完全に解散した。

　現在のスペイン空軍（Ejército del Aire、またはEdA）は、スペイン内戦終結後の1939年10月7日に正式に設立されました。EdAは、民族主義空軍と共和国空軍の後継者であった。スペイン共和国色は消滅し、機体の黒の丸みを帯びた丸みが黄色と赤の丸みに変更されました。しかし、フランコ空軍の尾翼記章である黒と白の聖アンドリュー十字（スペイン語：Aspa de San Andrés）のフィンフラッシュ、ファシストイタリアのアヴィアツィオーネ軍団やナチスドイツのコンドル軍団の記章は、現在のスペイン空軍でも使用されている。
　独裁政権の初めに導入された変更の後、航空地域とその司令部は次のようになった。

• 第1航空地域。中央部
• 第2航空地域。第2航空管区
• 第3航空地域。東
• 第4航空地域 ピレネー
• 第5航空地域 大西洋
• バレアレス諸島航空地帯
• モロッコ空域
• カナリア諸島と東アフリカ航空地帯

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　青色戦隊（Escuadrillas Azules）は、第二次世界大戦中のスペインの志願兵編隊であるアズール師団青色師団の時代に枢軸国と並んで戦った航空部隊である。エスクアドリラ・アズールは、東部戦線で空軍と共に活動し、クルスクの戦いに参加しました。この中隊は、第VIIIフライガーコープス、ルフトフロッテ2の「15スパニッシュ・スタッヘル」/JG27アフリカーであった。
　第二次世界大戦後の最初の数年間、スペイン空軍は主にドイツとイタリアの飛行機とそのコピー機で構成されていた。興味深い例として、HA-1112-M1L Buchón (Pouter)があるが、これは基本的にメッサーシュミットBf 109のライセンス生産で、スペインで使用するためにロールス・ロイス・マーリン500-45で改造されたものであった。
　1946年3月、スペイン初の軍事空挺部隊であるPrimera Bandera de la Primera Legión de Tropas de Aviaciónがアルカラ・デ・ヘナレスに設立された。第二次世界大戦後の植民地闘争で米国製の飛行機を使用することに米国政府が反対したため、スペインは最初はT-2（ユンカース52、愛称「パバ」）、B-2I（ハインケル111、愛称「ペドロ」）、C-4K（Bf 109のスペイン版、愛称「ブヒョン」）などの旧式ドイツ軍機を使用していた。それでも、グラマン・アルバトロス水上機やシコルスキーH-19Bヘリコプターが救助活動に使用されていた。 このため、現在でもEdAは北米を起源とする一線級戦闘機とフランス・ヨーロッパを起源とするジェット戦闘機の2つの異なる起源のジェット戦闘機を保有する方針を維持している。
　EdAはその数の多さに感銘を受けたが、第二次世界大戦末期には、技術的には戦時中の航空技術の進歩により多かれ少なかれ陳腐化していった。予算上の理由から、スペインは1950年代から1960年代にかけて、古いドイツ軍機の多くを実際に運用していました。例えば、最後のユンカースJu 52は、1970年代までムルシア近郊のアルカンタリヤ空軍基地からパラシュート隊の訓練を行うエスクアードロン721で運用されていました。CASA 352とCASA 352Lは1950年代にCASAによって開発されたものである。

　現代において、スペイン空軍の航空機編成は急速な近代化を進める方針をまとめた。これは、シーランド帝国やエーレスラント連合王国の強大な軍事力に対し、相応の防空戦力を保持することが国防上の課題であるとされたためである。
　現在の空軍では戦闘機をすべて第5世代におきかえるとともに、新型の第5.5世代戦闘機を順次配備する予算を、2025年までに成立させるものとしている。

基地一覧
管区	司令基地	所属基地	配備機体
北部作戦方面管区	ヘタフェ基地	トレホン・デ・アルドス基地 ヘタフェ基地 マドリード＝クアトロ・ビエントス基地 マタカン基地 ビリャヌブラ基地 サンティアゴ飛行場 レオン飛行場	F-35A*360 E-2 Mk.21*15 C-17*6 C-295*12 KC-135*13 U-2S*20 RQ-170*40 RC-135V/W*10 RC-135S*12 F-35D*12 B-2*20 B-1B*20
西部作戦方面管区	シントラ基地	リスボン基地 シントラ基地 モンティジョ基地 モンテ・リアル基地 コルテガサ基地 ベージャ航空基地 オヴァ―ル基地 ラジェス基地	F-35A*360 E-2 Mk.21*15 C-17*6 C-295*12 KC-135*13 F-35D*12
南部作戦方面管区	モロン基地	モロン基地 アルミーリャ基地 タラベラ・ラ・レアル基地 ガンド基地 マラガ基地	F-35A*360 E-2 Mk.21*15 C-17*6 C-295*12 KC-135*13 F-35D*12
東部作戦方面管区	サラゴサ基地	サラゴサ基地 ソン・サン・ファン基地 サン・ハビエル基地 アルカンタリーリャ基地 ロス・リャノス基地	F-35A*360 E-2 Mk.21*15 C-17*6 C-295*12 KC-135*13 U-2S*20 RQ-170*40 RC-135V/W*10 RC-135S*12 F-35D*12 B-2*20 B-1B*20

戦略爆撃隊、及び戦術爆撃隊は主に北部と東部に集中して配備され、即応の体制が常に取られている。