現在の艦隊は1999年に再編され、緊張高まる国際情勢下において拡張が進行中である。

主力艦隊
艦隊名	担当海域	拠点
東大西洋艦隊	東大西洋海域	リスボン
西地中海艦隊	ジブラルタル以西の地中海海域	バレンシア
カンタブリア艦隊	ビスケー湾南部海域	マリン
補助艦隊
艦隊名	主任務	拠点
部隊護衛群	補助艦隊の護衛任務	サン・フェルナド
掃海群	機雷除去	カルタヘナ
外洋補給支援艦隊	外洋任務における補給と支援	フェロル

東大西洋艦隊(Flota del Atlántico este)は、スペイン王国海軍主力艦隊を構成する艦隊のひとつである。主力三艦隊のうち最も広い海域を担当し、離島・島嶼防衛を行う艦隊である。そのため海兵隊の運用する強襲揚陸艦を指揮下に有する。

原子力航空母艦「メディナ・シドニア」を中心とした戦闘部隊。メディナ・シドニア艦内に司令部を有する。作戦行動時にはメディナ・シドニアを中心として、直属システム駆逐艦1隻、駆逐隊よりシステム駆逐艦2隻、システムフリゲート1隻、通常動力潜水艦１隻で構成された第一空母打撃群を編成する。

東大西洋艦隊の戦力中核であると同時に、第一空母打撃群は広大な担当地域と規模ゆえ、海軍から最新の装備が優先的に配備されえる。そのため、三艦隊のうち唯一艦載機が第五世代戦闘機である。
原子力空母

• メディナ・シドニア級原子力航空母艦「メディナ・シドニア」

打撃群直属駆逐艦

• コンキスタドール級駆逐艦「フランシスコ・ピサロ」
• コンキスタドール級駆逐艦「ディエゴ・デ・アルマグロ」
• コンキスタドール級駆逐艦「ゴンサロ・ピサロ」

空母飛行隊

• 第991戦闘攻撃隊
• 第803戦闘攻撃隊
• 第35電子戦闘部隊
• 第1艦載早期警戒飛行隊
• 第335洋上打撃ヘリコプター隊

第01駆逐隊
駆逐隊は打撃群全体の防空任務並びにBMD任務に対し独立して動くことが可能な駆逐隊。主力艦隊における対水上戦闘任務を受け持つ。
打撃群に随伴する艦艇が３隻ずつ持ち回りで担当する。

• コンキスタドール級駆逐艦「ペドロ・デ・バルディビア」
• コンキスタドール級駆逐艦「セバスティアン・デ・ベラルカサル」
• コンキスタドール級駆逐艦「ゴンサロ・ヒメネス・デ・ケサーダ」
• コンキスタドール級駆逐艦「フアン・ディアス・デ・ソリス」
• コンキスタドール級駆逐艦「フランシスコ・デ・オレリャーナ」
• アルバロ・デ・バサン級フリゲート「ブラス・デ・レソ」
• アルバロ・デ・バサン級フリゲート「クリスト―バル・コロン」
• アルバロ・デ・バサン級フリゲート「フアン・デ・アウストリア」

空母打撃群及び周辺海域の対潜哨戒を行う潜水部隊。

• アゴスタ級潜水艦「ガレルナ」
• アゴスタ級潜水艦「トラモンターナ」
• スコルぺヌ級潜水艦「ライチュレオ」
• スコルぺヌ級潜水艦「ウマイタ」

島嶼奪還及び島嶼防衛において、地上戦力の輸送並びに航空支援を目的とした強襲揚陸艦とドック揚陸艦で構成される群。第01駆逐隊の一部が合流し行動にあたる。
揚陸隊

• 強襲揚陸艦「フアン・カルロス1世」
• ニューポート級ドック揚陸艦「ピサ―ロ」
• ニューポート級ドック揚陸艦「エルナン・コルテス」
• ニューポート級ドック揚陸艦「ポルト」

揚陸作戦における工兵作業並びに特殊環境下における作戦遂行を目的とした大隊規模のコマンド群

海兵隊3個旅団からで構成される上陸部隊。島嶼における防衛作戦・奪還作戦のほか、後方奇襲任務や特殊工作任務を請け負う精鋭部隊。司令官は陸軍管轄ではなく東大西洋艦隊司令官が有する。

第604航空哨戒飛行隊
リスボン空軍基地に司令部を置く、対潜・哨戒・偵察部隊である。

• P-8*6

''西地中海艦隊(Flota del Mediterráneo occidental)はスペイン王国海軍主力艦隊を構成する艦隊の一つである。ジブラルタル以西の西地中海海域を担当し、行動範囲はイタリア沿岸にまで及ぶ。地中海於ける脅威に対する即応戦力として存在している。

原子力航空母艦「アロンソ・ペレス・デ・グスマン」を中心とした戦闘部隊。東大西洋艦隊と同規模の戦闘部隊を有し、西地中海における機動部隊である。

西地中海艦隊の中核としての役割を果たす部隊である。任務に応じ艦艇数を変移させる。艦載機の世代は半分が第4.5世代であり、すべて第5世代に統一された東大西洋艦隊と比較すると優先順位が低いことがうかがえる。
原子力空母

• メディナ・シドニア級原子力航空母艦「アロンソ・ペレス・デ・グスマン」

打撃群直属駆逐艦

• コンキスタドール級駆逐艦「フアン・ポンセ・デ・レオン」
• コンキスタドール級駆逐艦「ディエゴ・ベラスケス・デ・クエリャル」
• コンキスタドール級駆逐艦「パンフィロ・デ・ナルバエス」

空母飛行隊

• 第831戦闘攻撃隊
• 第901戦闘攻撃隊
• 第23電子戦闘部隊
• 第二艦載早期警戒飛行隊
• 第121洋上打撃ヘリコプター隊

第03駆逐隊

• コンキスタドール級駆逐艦「エルナンド・デ・ソト」
• コンキスタドール級駆逐艦「ルーカス・バスケス・デ・アイヨン」
• コンキスタドール級駆逐艦「ディエゴ・デ・ニクエサ」
• コンキスタドール級駆逐艦「バスコ・ヌーニェス・デ・バルボア」
• コンキスタドール級駆逐艦「フランシスコ・エルナンデス・デ・コルドバ」
• アルバロ・デ・バサン級フリゲート「アルバロ・デ・バサン」
• アルバロ・デ・バサン級フリゲート「アルミランテ・ファン・デ・ボルボン」
• アルバロ・デ・バサン級フリゲート「メンデス・ヌーニェス」

• アゴスタ級潜水艦「シロコ」
• アゴスタ級潜水艦「ミストラル」
• スコルぺヌ級潜水艦「トネレーロ」
• スコルぺヌ級潜水艦「アンゴストゥーラ」

• P-8*6

カンタブリア艦隊?(Flota del Cantábrica)はスペイン王国海軍主力艦隊を構成する艦隊の一つである。本艦隊はカンタブリア海及びビスケー湾の警備にその第一義を持つが、ほか二艦隊と異なり補助艦隊・予備艦隊として扱われる。そのため相対的に装備が古い。

原子力空母

• メディナ・シドニア級原子力航空母艦「ホセ・ホアキン・アルバレス・デ・シルバ」

直属駆逐艦

• コンキスタドール級駆逐艦「ベルナル・ディアス・デル・カスティリョ」
• コンキスタドール級駆逐艦「ペドロ・デ・アルバラード」
• コンキスタドール級駆逐艦「フアン・デ・グリハルバ」

空母飛行隊

• 第699戦闘攻撃隊
• 第898戦闘攻撃隊
• 第13電子戦闘部隊
• 第三艦載早期警戒飛行隊
• 第191洋上打撃ヘリコプター隊

護衛駆逐隊

• コンキスタドール級駆逐艦「フランシスコ・デ・モンテーホ」
• コンキスタドール級駆逐艦「フランシスコ・バスケス・デ・コロナド」
• コンキスタドール級駆逐艦「アルバル・ヌーニェス・カベサ・デ・バカ」
• アルバロ・デ・バサン級フリゲート「フェデリコ・グラビーナ」
• アルバロ・デ・バサン級フリゲート「パスクワル・セルベラ」
• アルバロ・デ・バサン級フリゲート「ミゲル・デ・セルバンテス」

• アゴスタ級潜水艦「アゴスタ」
• アゴスタ級潜水艦「ラ・プラヤ」
• スコルぺヌ級潜水艦「カレッラ」
• スコルぺヌ級潜水艦「オイグス」

• P-8*6