シーランド帝国は現在までに四回国旗が変更されている。主な原因は二代目の皇帝であるライオネス・ロバーツ・ペンドラゴンであった。当初初代皇帝アルフレッド・ロバーツがトリニダード・トバゴ共和国に似た国旗に決定した。しかし、ライオネス（当時は皇太子）はこの国旗に反対した。理由は「イギリスを降しブリテン島を治める国家としては相応しくない（要約するとダサい）」として反抗した。これを受けて×時の様な物に変更されたがライオネスは根本的に変えろと要求したが結局変更される事はなかった。ライオネスも当時は皇太子であり父親のアルフレッド・ロバーツは健在だった為これ以上の反対が出来なかった。しかし、アルフレッド・ロバーツがアイゼンバッハのクーデターで死亡しライオネス・ロバーツ・ペンドラゴンがシーランド帝国皇帝になると国旗の変更を行った。改めて作られた国旗にライオネスは満足していたがシンメトリー好きのライオネスは段々と不満が溜まるようになった。そして1996年に帝国旗を変更した。しかし、当時は第三次ブリテン戦争の真っただ中であり加えて大きく領土を占領されていた時期であった。国旗の変更と作成は通達されたが全部隊への配備は終戦まで遅々として進まなかった。結局配備が完了したのは終戦後の2004年であった。

年	画像	概要
1975年〜1976年		ライオネス・ロバーツ・ペンドラゴンの強い要望により変更
1976年〜1981年		ライオネス・ロバーツ・ペンドラゴンの命により変更
1981年〜1996年（2004年）		ライオネス・ロバーツ・ペンドラゴンの命により変更
1996年（2004年）〜		現在進行形で使われている国旗