インドネシア連邦海軍に所属する艦隊。空母を有する外征艦隊であり、大東亜帝国海軍創設の際はインドネシア連邦軍より出向する艦隊の中心になるだろうと言われている。練度も第一艦隊と同格レベルであり、最新鋭艦が多い分こちらの方が戦力は大きい。

創設	2020年6月
所属	インドネシア連邦海軍
編成単位	艦隊
上級単位	海軍参謀本部
司令部	パダン
拠点	パダン基地

編制されるも、戦闘経験なし

第一、第二、第三艦隊より増援を受け、インド洋方面を警戒。

役職	官姓名
第十三艦隊司令長官	大将
第十三艦隊参謀長	少将
第一航空戦隊司令官	中将
第二航空戦隊司令官	中将
第十三戦隊司令官	少将
第十五戦隊司令官	少将
第十三駆逐隊司令	大佐
第十四駆逐隊司令	大佐
第十五駆逐隊司令	大佐
第十六駆逐隊司令	大佐

艦種	艦型	艦数
航空母艦	ジャカルタ級航空母艦	4隻
巡洋艦	ケルート級巡洋艦?	16隻
駆逐艦	フジャン・デサ級駆逐艦?	72隻
潜水艦	マハカム級潜水艦?	32隻

第一航空戦隊
第二航空戦隊
第三航空戦隊
第四航空戦隊
巡洋戦隊 4個
駆逐隊 18個
潜水隊 8個