クーデターによる武力闘争の間に編成された、新共和国軍を祖にして誕生した。旧共和国軍とは、装備も同じものも多い。
新たに装備を調達する予定であるが、国産化を目指しているため、海外からの輸入兵器は、消耗品等の一部を除き、ほとんど存在しない。

国防省の中の海軍庁におかれている参謀本部が最高司令部となる。
参謀本部は、第一艦隊から第三艦隊を指揮する。
また、それらの部隊とは別に、参謀本部直轄部隊・教育部隊、各種軍学校が置かれている。

詳しくは、インドネシア連邦海軍著名軍人一覧

第一艦隊（中央方面艦隊）
第二艦隊（西部方面艦隊）
第三艦隊（北部方面艦隊）
第四艦隊（支援艦隊）
第五艦隊（外征艦隊）
第六艦隊（潜水艦隊）
第七艦隊（外征艦隊）
第八艦隊（自治共和国艦隊）
第十三艦隊（空母機動艦隊）
第一護衛艦隊

詳しくは、インドネシア連邦海軍保有艦艇一覧
巡洋艦18隻
駆逐艦60隻
フリゲート36隻
潜水艦28隻
敷設艦8隻
掃海艇20隻
ミサイル艇8隻

詳しくは、インドネシア連邦海軍装備?

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