地方分権が進んでいくなか、独立運動やテロ活動が激しく起こることに危機感を抱いた日本系インドネシア人やジャワ人を中心とする愛国新党が2018年9月30日にクーデターを起こし、政権を奪取。これに、政府に不信感を抱いていた国軍や地方自治体が参加し、共和国を解体。2020年6月8日に連邦制が成立し、インドネシア連邦として再出発した。成立と同時にパプアニューギニアは分離し、独立した。他の地方は、民族文化保護等を強く訴え、政府が受け入れた為、分離・独立は行わなかったが、一部の過激派によるテロ活動が行われた。
西ティモールでは、一部組織が分離独立を目指すも非合法活動を行っていたため、認められなかった。
その後、武力による独立運動は収まったが、6月に、財政危機に陥った東ティモール共和国とパプアニューギニアを併合したことで、過激派による武力闘争(
インドネシア対テロ紛争)が起きた。
7月には、これら過激派が起こした6月12日の同時多発テロ事件等のテロを鎮圧し、大幅な自治権を与えることで合意し停戦条約を結んだ。
8月16日には、ティモール自治共和国、ニューギニア自治共和国という、二つの自治共和国を成立させた。
9月には、第三次大戦に参加しエーレスラント・オスマンと戦った。我が連邦軍は、オスマン海軍の潜水艦を16隻沈めるという大戦果をあげた。
しかし、同盟であるブランデンブルクの降伏により、我が国も降伏し敗北を喫した。
その後、講和を結んだ。
10月には、今まで連邦軍が行っていた自治共和国治安維持任務を自治共和国軍へ移行した。