インドネシア連邦準備委員会発足後から、現在に至るまで、西ティモールや西ニューギニアでの独立運動や東ティモールやパプアニューギニアとの合流が盛んに叫ばれていた。連邦政府は、成立後にそれらの地域に対し、独立を認めはしなかったが、大幅な自治権を認めた。
しかし、一部の独立派はそれを認めず武力による独立運動を始めた。
連邦政府は、話し合いによる意見は受け入れるが武力による意見は受け入れない、と表明しているにも関わらず政府組織や民間施設に襲撃を行っている。

2019年
11月21日 陸軍基地襲撃事件

2020年
5月17日 同時爆破事件
6月12日 同時多発テロ事件
6月25日〜 ニューギニア共和国掃討作戦
7月11日 ディリ休戦協定

国名	部隊名	人員数	配備地区
中華民主共和国連邦?	第一歩兵師団	10万	カリマンタン地区・ニューギニア共和国
カトラス社会主義共和国	第十六派遣旅団	6000人	ニューギニア共和国

部隊名	人員数	死傷数	配備地区
第一師団	15,420	3,451	ジャカルタ特別管区
第二師団	11,580	325	カリマンタン管区
第七師団?	15,420	361	ニューギニア共和国
第十三師団	19,650	32	ニューギニア共和国
第15旅団	7,740	2,451	ティモール共和国
第三航空団			ニューギニア共和国
第一艦隊			ニューギニア共和国

自治共和国、ジャワ島を優先して掃討。その後、カリマンタン島、スマトラ島を掃討。