アルミヤ連邦共和国は複数の環境問題を抱えている。工業・農業排水による水源の汚染や、アラル海の縮小などが知られているが、中でも最も問題視されているのが砂漠化である。
アルミヤ連邦共和国の国土は元々極端な大陸性気候である都合上、約60%が砂漠であり、緑化政策は重要なものである。過放牧を起因とするものも深刻ではあるが、南部では旧政府時代の灌漑によって発生したアラル海の縮小によって発生した砂漠化が特に深刻である。森林火災なども問題視されており、それを食い止めると同時に、緑化を進めることで林業の拡大も目指している。

半砂漠地帯はクローバーといったマメ科植物や、沙棘と呼ばれる中国から輸入したグミ科の植物を植えて土を作る。その後は低木を植えながら、林業などで木材として有効活用できる上、環境適応能力も高くCO2の固定量も多いカラマツや、容易に苗木を作ることが可能で、成長が早く環境適応能力も高いポプラといった木を植えていくことで、緑化を進めている。
また、他産業の発展により放牧量の規制を行うことが可能となったことで、過放牧による砂漠化も食い止めることに成功している。
森林火災は、森林に熱を探知して警報を発するセンサーを取り付け、消防隊に消火用のヘリコプターと航空機を配備することで対応している。
産業排水は日本のものを参考にし、さらに厳密化された新基準を採用することで対応しており、対応の為にかかる費用は半分から3/4程度を国が負担するとしている。
アラル海の縮小に関しては、まず小アラル海の回復を目指してコカラル堤防の建設を行った。その後、コカラル堤防が水位回復に貢献していることが確認され、コカラル堤防のかさ上げとサルィーシャガナク堤防の新設を行い、現在は更なる水位回復が発生している。
一方で、大アラル海の回復に関しては非常に難しいという見解が成されている。スタン共和国連邦にまたがる大アラル海であるが、灌漑を全てやめたとしても回復までには75年ほどかかると計算されており、シベリア河川転流計画と言ったら大掛かりな計画はコストに見合わないとされている。
結果的に、アルミヤ連邦共和国は小アラル海の回復に留め、余裕があるのであればスタン共和国連邦と協力した上で回復を目指すとしている。

1996年頃から開始された環境保護政策により、現在アルミヤ連邦共和国の砂漠化は食い止められており、小アラル海の水位回復などに伴いむしろ緑地は増加している上、塩害も収まり始めている。カスピ海や各地の湖の汚染も、基準厳格化後は進んでいない。
未だにアルミヤ連邦共和国の環境保護は途上といえるものの、時間とお金と手間をかければ実現できることを世界へと証明している。